Die kieferlosen Rundmäuler, zu denen auch das Bachneunauge gehört, werden stammesgeschichtlich als Vorfahren der Fische betrachtet und gelten nicht als echte Fische. Sie besitzen einen aalähnlichen Körper und ein scheibenförmiges Saugmaul mit Hornzähnen. Ohne Kiefer, Schuppen, Schwimmblase oder paarige Flossen. Erwachsene Tiere (Lampreten) mit zwei ineinander übergehenden Rückenflossen. Seitlich hinter dem Kopf mit sieben Kiementaschen und einer unpaaren Nasengrube, welche zusammen mit den Augen den Eindruck von neun Augen vermitteln (Namensgebung). Rücken dunkelbraun, mit gräulich hellem Bauch. Jungtiere (Querder) mit niedrigem Flossensaum vom Rücken bis zur Schwanzspitze und ohne Saugmaul und Hornzähne. Auffallend ist das Fehlen der Augen (Augenanlagen unter der Haut). Länge der erwachsenen Tiere bis maximal 20 cm.